Suurin osa lappilaisista miehistä kuului 6. divisioonaan, joka muodostettiin vuonna 1941 Perä-Pohjolan sotilasläänissä. Tähän sotilaslääniin kuuluivat Pohjois-Pohjanmaan, Pohjolan ja Länsi-Pohjolan suojeluskuntapiirit. Hyökkäyssuunnitelmien valmistuttua joukkoja ryhdyttiin saattamaan sotavalmiiksi. Sotaan valmistautuminen tapahtui samoin kuin aiemmin talvisodassa eli kutsumalla reserviläiset ylimääräisiin harjoituksiin. Puolustusvoimat kutsui reserviläiset kertausharjoituksiin 17.6.1941, mutta valmiutta oli kohotettu Lapissakin jo tätä ennen.
Käskykirjeet toimittivat aiempaan tapaan useimmiten paikalliset viranomaiset, suojeluskuntalaiset tai muu paikallinen lähetti. Taas Lapin pitkät välimatkat tuottivat taas omat vaikeutensa, kun monet miehet olivat tukinuitossa tai savotassa. Tämä oli kuitenkin otettu huomioon ja työmaiden esimiehet saivat puhelimella määräyksen välittää palvelukseenastumiskäskyn reserviläisille, joiden tuli ilmoittautua lähimmälle kirkonkylälle. Suojeluskuntalaisten tuli ilmoittautua palvelukseen mukanaan omat varusteensa ja heille jaetut aseet.

6. divisioonan muistoristi. Ristin oli oikeutettu saamaan sodan aikana 6D:ssa palvellut sotilas, lotta, sotilaskoti-sisar ja linnoitusjoukkoihin kuulunut henkilö sekä Lapin sodassa JR I:ssä ja JR 2:ssa palvelleet.
6. Divisioona muodostui muun muassa seuraavista yksiköistä:
Jalkaväkirykmentti 12 (JR 12)
Jalkaväkirykmentti 33 (JR 33)
Jalkaväkirykmentti 54 (JR 54)
Kenttätykistörykmentti 14 (KTR 14)
Kevyt osasto 3 (KevOs 3)
Pioneeripataljoona 36 (PionP 36)
Viestipataljoona 35 (VP 35)
264. ilmatorjuntakonekiväärikomppania (264. ItKKK)
Lisäksi Petsamon suunnalle oli sijoitettu Petsamon erillisosasto, jota johti Osasto Pennasta jo talvisodan aikana komentanut Antti Pennanen. Pennasen johtama osasto tultiin tuntemaan ”Luton miehinä”.
Jalkaväkirykmentit perustettiin pääosin alueittain. Jalkaväkirykmentti 12 (JR 12) pääosat perustettiin Kemijärvellä, JR 33 Rovaniemellä, Ranualla, Kemijärvellä. Vastaavasti JR 54 pääosat perustettiin Alatorniolla. Kenttätykistörykmentti 14 (KTR 14) Tervolassa ja Kemissä. Pioneeripataljoona 36 (PionP 36) Simossa. Viestipataljoona 35 (VP 35) Kemissä. Kevytosasto 3 (Kev.Os. 3) Posiolla.

Jatkosodan Lapin risti myönnettiin yhteysesikunta Roissa ja sen alaisissa joukoissa, virastoissa ja laitoksissa aikana 25.6.41 – 15.9.44 palvelleille henkilöille. Nauhaan kiinnitetyn soljen kanssa risti on saksalaisia vastaan käytyy Lapin sotaan osallistuneiden muistoristi.
6 divisioona oli jatkosodan aikana alistettu saksalaisten komentoon. Tämä tarkoitti, että nämä joukot toimivat Saksan XXXVI vuoristoarmeijakunnan alaisuudessa. Tämä tarkoitti että suomalaiset olivat myös saksalaisen huollon piirissä, mikä takasi joukoille tavallisesti paremman muonituksen kuin muualla puolustusvoimissa. Saksalaisen muonituksen rooli korostui Suomen kärsiessä elintarvikepulasta raskaiden sotavuosien aikana.
Saksalaiset aloittivat hyökkäyksen Petsamon kautta kohti Murmanskia 22.6.1941 klo 2.30. Eteläisemmät saksalaissuomalaiset joukot yhtyivät hyökkäykseen myöhemmin ja suomalainen 6. divisioona hyökkäsi Hautakylän-Vuotungin alueella 30.6 klo 16.00 yhdessä saksalaisten joukkojen kanssa. Tavoitteena oli katkaista tärkeä rautatie Murmanskin eteläpuolella. Hyökkäys ei kuitenkaan edennyt toivotulla tavalla. Saksalaiset eivät olleet tottuneet operoimaan vaikeissa arktisissa olosuhteissa. Lisäksi saksalaiset joukot olivat varsin monenkirjavia. Mukaan mahtui niin berliiniläisiä SS-miehiä kuin vuoristojääkäreitä Baijerista sekä erilaisia rakennusorganisaatioiden työntekijöitä. Yhteistä näille joukoille oli, etteivät ne olleet tottuneet toimimaan suomalaisessa metsämaastossa.
6. divisioonan sotatoimia jatkosodan alussa Itä-Lapissa leimasivat olosuhteiden karuus: tiettömien taipaleiden takaa joukkojen huoltaminen oli vaikeaa ja miehet joutuivat usein kantamaan monen päivän muonat sekä ammukset itse ja hevoskuormastoilla jouduttiin ajamaan pitkin metsiä. Tällainen eteneminen oli erittäin raskasta niin miehille kuin hevosillekin. Suomalaisjoukot joutuivatkin rakentamaan korpeen teitä, jotta joukot saataisiin huolletuksi.
Korpimaasto tarjosi kuitenkin etujakin. Puna-armeija ei ollut odottanut niin suuria joukkoja voitavan kuljettaa tiettömien taipaleiden halki, jolloin neuvostojoukot saatiin yllätettyä. Vihollinen kykeni kuitenkin tekemään etenemisvaiheen aikana useita hyökkäyksiä 6. divisioonaa vastaan. Divisioona kävi kesän mittaan useita kovia taisteluita neuvostojoukkoja vastaan.
Lopulta joukkojen päästyä 17.9.1941 Vermanjoen (Vilmanjok) rannalle, käskettiin joukkoja ryhmittymään väliaikaiseen puolustukseen. Väliaikaisesta tuli kuitenkin pysyvää, sillä Saksan armeijan voimavarat keskitettiin pääsotanäyttämölle Itä-Eurooppaan. Saksalaisten joukkojen hyökkäyskyvyn ehdyttyä ja painopisteen siirryttyä muualle, määräsi Hitler hyökkäyksen pohjoisessa keskeytettäväksi.
Hyökkäys kohti Murmanskia
Erillinen Osasto Petsamon (tunnettiin myös yhä vanhalla nimellään Osasto Pennanen) runkona toimi Ivalossa sijainnut rauhanaikaisen 12. Pr:n pataljoona, jota vahvistettiin Inarin ja Kolosjoen reserviläisillä. Osastoon kuului aluksi kaksi kiväärikomppaniaa, esikuntakomppania sekä kranaatinheitinjoukkue. Osasto sai kuitenkin vuoden 1941 lopulla vahvistuksia ja siihen lisättiin 36. rajajääkärikomppanialla ja kiväärikomppanialla sekä patterilla. Osasto toimi Vuoristoarmeijakunta Norwegenin alaisuudessa.
Osasto kuljetettiin moottorimarssilla 25.6. alkaen Rajajoosepin länsipuolelle. Miehet marssivat neöjän päivän ajan erämaassa kantaen mukanaan kaiken tarvitsemansa muonan. Raskaimmat kuormat eli kranaatinheittimet ja raskaat konekiväärit kuljetettiin Luttojokea pitkin. Muonakuljetusten kohtalo kuvaa huollon vaikeuksia: 15 muonaveneestä vain neljä pääsi perille, kaikki muut kaatuivat koskissa.
Osasto ylitti valtakunnanrajan 29.6 ja eteni neuvostojoukkojen vastarinnasta huolimatta, kunnes 4.7 Luttojoelle saavuttua vastarinta muuttui sitkeämmäksi ja osasto joutui perääntymään. Heinäkuun puolivälissä tilanne muuttui yhä huolestuttavammaksi, kun osasto uhkasi jäädä saarroksiin. Heikosti huolletut suomalalaiset sotilaat alkoivat olla taistelujen väsyttämiä. Majuri Pennanen haavoittui 25.7, jonka jälkeen komennon otti majuri A. Väänänen. Vihollinen onnistui tekemään yllätyshyökkäyksen Luttokylään, missä se tuhosi huoltokeskuksen. Hyökkääjät oli neuvostoliittolainen rajavartiopataljoona, joka oli hyvin koulutettua ja osasi toimia maastossa.
2.8. neuvostojoukot aloittivat hyökkäyksen osaston eri puolilta ja katkaisi sen yhteydet. Suomalaiset onnistuivat kuitenkin murtautumaan saartorenkaan läpi suhteellisen pienin tappioin. Osasto ryhmittyi puolustukseen Akkajoen pohjoispuolelle, noin 6 km Luttojoesta pohjoiseen.

Everstiluutnantti Pennanen tarkastaa luutnantti Kiiverin komppanian Petsamossa 26.10.1941. SA-kuva.
Asemasotavaihe alkaa
Rintaman vakiinnuttua koko Lapin alueella vuonna 1941 alkoi asemasota. Talven tultua huomasivat suomalaiset talviolosuhteiden olevan saksalaisille vaikeita. Saksalaisten talvivarustus oli Lapin olosuhteisiin nähden riittämätön. Suomalaiset veteraanit muistelivat, ettei saksalaisten rautanastoitettuun saappaaseen mahtunut kuin yksi ohut sukka. Lisäksi saksalaisten lakit olivat venelakkeja eli suikkia, joita ei saanut edes vedettyä korvien suojaksi. Eräs veteraani muisteli saksalaisen sotilaan käyttäneen kylmissään jopa kolmea manttelia päällekäin.
Muiden tarvikkeiden ohella suomalaiset villapaidat, villasukat, karvalakit ja lapaset tekivät hyvin kauppansa saksalaisten keskuudessa. Kaupankäynti oli tavallisesti vaihtokauppaa ja erityisesti suomalaiset himoitsivat saksalaisten konjakkia.
Suomalaiset joukot myös kouluttivat saksalaisia aseveljiä metsätaistelussa ja toiminnasta talviolosuhteissa, jolloin saksalaisten toimintakyky koheni huomattavasti.
Asemasotavaihe tarkoitti sotilaille lähinnä vartiotehtäviä, partiointia, tiedustelumatkoja sekä valmiudessa olemista. Suomalaisilla, saksalaisilla kuin neuvostoliittolaisillakaan ei ollut enää haluja suurimittaisiin taisteluihin rintamalinjan vakiinnuttua.
Partisaanisotaa
Asemasota toi Lapissa ja Itä-Suomessa sodankäyntiin uuden ilmiön: partisaani-iskut. Neuvostoliitto perusti vapaaehtoisista miehistä ja naisista partisaanijoukkoja. Nämä joukot eivät olleet osa puna-armeijaa, vaan ne koulutti ja niitä johti Beuvostoliiton sisäasiainkansankomissariaatti eli NKVD. Partisaaneiksi värvättiin muun muassa sisällissodan jälkeen loikanneita entisiä punakaartilaisia sekä heidän jälkeläisiään, Neuvostoliittoon aatteellisista syistä muuttaneita sekä amerikansuomalaisia siirtolaisia. Partisaaneiksi värvättiin myös vankeja, joille luvattiin armahdus vastineeksi värväytymisestä.
Neuvostoliitto teki vuosina 1941-1944 kaikkiaan 45 partisaani-iskua Suomeen. Monet uhreista olivat siviileitä, eivätkä partisaanit säästäneet naisia, lapsia tai vanhuksia. Rajaseudun asukkaita ei oltu evakuoitu, sillä suomalaiset eivät osanneet ennakoida, että neuvostoliittolaiset ryhtyisivät sotatoimiin siviiliväestöä vastaan.

Neuvostopartisaanien uhreiksi joutuivat niin naiset kuin lapset. Pieniäkään lapsia ei säästetty.
Rintamalinja ei koostunut yhtenäisestä juoksuhautaverkostoista, vaan toisistaan etäällä olevista kenttävartioista, joiden välillä suomalaiset ja saksalaiset partioivat. Tämä tarjosi viholliselle mahdollisuuden livahtaa joukkojen selustaan tekemään tuhoja. Usein rajaseudun väestöä kyliin suojaamaan asetetut pienet suojajoukot olivat auttamatta usein alakynnessä. Siviilien suojaksi ja partisaaneja sekä desantteja jahtaamaan perustettiin Erillinen Osasto Savukoski eli nk. Erillisosasto Sau. Tässä joukossa palveli joukkueenjohtajana muun muassa Mannerheim-risti ritari Olavi Alakulppi.
Neuvostopartisaanit tekivät Suomessa 45 partisaanihyökäystä, joista 32 iskua kohdistettiin suomalaisiin siviilikohteisiin jatkosodan aikana. He surmasivat iskuissa yli 150 siviiliä, joista suuri osa oli lapsia ja naisia. Tuhoisimmat iskut kohdistuivat Lappiin Lokan ja Seitajärven kyliin, jotka olivat kaukana sotilaskohteista. Osa iskujen kohteista oli tiettömän taipaleen takana olevia yksinäisiä taloja, kuten Sodankylän Yliluirolla olevat kahden Maggan perheen talot. Näillä iskuilla ei ollut mitään sotilaallista tavoitetta tai oikeutusta, paitsi siviiliväestön terrorisointi sekä pelon levittäminen. Partisaanit kuitenkin raportoivat nämä verityöt onnistuneina iskuina sotilaskohteita vastaan.
Iskuista selvinneitä sekä iskujen jälkeen paikalle saapuneita sotilaita järkytti partisaanien ääretön julmuus: pienet lapsetkin murhattiin yhdessä perheidensä kanssa.
Sotasensuurin aikana partisaani-iskuista vaiettiin, sillä tietojen siviilien joutumisesta sotatoimien kohteeksi pelättiin laskevan sekä kotirintaman että sotilaiden moraalia. Oli ymmärrettävää, että sotilaille oli raskasta pelätä itsensä lisäksi myös perheidensä turvallisuuden puolesta. Yleiseen keskusteluun desanttien iskut ja niiden uhrit nousivat vasta 1990-luvulla Neuvostoliiton romahdettua.
Desantteja
Neuvostoliitto pudotti laskuvarjoilla myös desantteja suomalaisten linjojen taakse myös Lapissa. Harvaan asutuilla rajaseuduilla desantit saattoivat siirtyä rajan yli myös jalkaisin. Desantit olivat vakoilijoita ja sabotöörejä, jotka saattoivat käyttää joko siviilivaatteita, suomalaisia tai saksalaisia sotilaspukuja ja niiden sekä neuvostoliittolaisten sotilasasujen yhdistelmiä. Desanttien tehtäviin kuuluivat muun muassa vakoilu sekä tuhotyöt armeijan selustassa, kuten rautateiden tai siltojen räjäyttäminen sekä puhelinlinjojen katkominen.

Partisaaneilta takavarikoituja aseita ja varusteita. SA-kuva
Suomeen lähetetyistä desanteista huomattava osa oli kansallisuudeltaan venäläisiä, joskin ukrainalaistenkin osuus oli suuri. Huomattava osa desanteista oli kuitenkin taustaltaan suomalaisia. He olivat muuttaneet itse tai vanhempiensa mukana Neuvostoliittoon sisällissodan jälkeen. Kielitaitonsa vuoksi heidät painostettiin ja jopa pakotettiin vakoilutehtäviin Suomea vastaan. Osa ryhtyi tehtävään myös omasta halustaan. Toinen merkittävä ryhmä olivat inkeriläisiset. Nämäkin valittiin usein vakoilutehtävään kielitaidon perusteella. Kolmas merkittävä ryhmä olivat amerikansuomalaiset. Monet heistä olivat muuttaneet vanhempiensa mukana 1930-luvulla Yhdysvalloista Neuvostoliittoon. Osa heistä oli syntynyt Yhdysvalloissa ja maan kansalaisia. Kanadansuomalaistaustaisia ja virolaisia desantteja tavattiin. Desanttien koulutustaso vaihteli suuresti ja osa heistä oli perusteellisesti koulutettuja, osa muutaman päivän pikakurssin saaneita. Desantit olivat siis hyvin kirjavaa joukkoa ja määrä vaikutti usein korvaavan laadun.
Desantit eivät siis olleet kansaivälisten sopimusten tarkoittamia sotilaita, jotka kantoivat avoimesti asetta ja oman maansa univormua tunnuksineen. Sen sijaan puna-armeijan univormua kantaneita desantteja kohdeltiin sotavankeina, eikä heitä rangaistu vakoilusta. Sotaväen rikoslaissa säädettiin vakoilusta rangaistukseksi kuolema tai elinkautinen kuritushuonerangaistus. Vaikka kuolemanrangaistus ei ollut käytössä Suomessa rauhan aikana, sotatilan vallitessa kenttäoikeudet määräsivät desanteille myös kuolemantuomioita. Kuolemantuomio vakoiltusta oli käytössä lähes kaikissa sotaa käyvissä maissa.
Desanttien jahtaamiseen käytettiin niin armeijan sotilasosastoja kuin paikallisia suojeluskuntia, vahvistuksenaan sotilaspoikia. Paikallisen maaston tuntevat etsintäpartiot olivat usein etulyöntiasemassa desantteihin nähden: osa desanteista hädin tuskin tiesi minne heidät oli laskuvarjolla pudotettu. Lisäksi paikalliset asukkaat ilmoittivat herkästi epäilyttävistä kulkijoista ja muista desanteiksi epäillyistä viranomaisille.

Suomalaisissa sotilaspuvuissa kiinni otettuja desantteja Utin vankileirillä huhtikuussa 1940. SA-kuva
Vaikka tarkkoja lukuja Suomeen pudotetuista desanteista ei ole olemassa, vaikuttaa todennäköiseltä että suurin osa jäi nopeasti kiinni ja suurin osa heistä teloitettiin vakoojina. Suomessa teloitettiin talvi- ja jatkosodan aikana noin 500 desanttia ja vakoojaa.
Asemasota Lapissa päättyy
Saksan sodanjohto ryhtyi vuosina 1943–1944 valmistelemaan suunnitelmaa vetää Pohjois-Suomessa olevat joukot Neuvostoliiton vastaiselta rintamalta uusiin puolustusasemiin Lapin poikki, mikäli suomalaisten puolustus olisi romahtanut ja neuvostoliitto olisi kyennyt valtamaan eteläisen Suomen. Uudet puolustusasemat piti tiedustella, rakentaa ja varustaa ennakkoon. Niin kutsuttua operaatio Birkeä ryhdyttiin valmistelemaan vuonna 1943, ja se toteutettiin vuonna 1944. Myöhemmin operaatiota toteutettaessa tilanne oli muuttunut päälaelleen, sillä taisteluja ei käyty neuvostojoukkoja vaan suomalaisia vastaan. Operaation seurauksena Lappiin rakennettiin Sturmbock-linja Enontekiölle sekä Schutzwall-linja Sodankylään.

Sotilas ja poro. SA-kuva
Kuitenkaan ennen vuotta 1944 ei suomalais-saksalaisessa aseveljeydessä ollut ruohonjuuritasolla säröjä, vaikka Saksan heikko sotamenestys oli hyvin myös rivimiesten tiedossa. Suhteiden katkeaminen Saksaan tulikin monille yllätyksenä ja Lapin sota muodostui katkeraksi tuhoamissodaksi entisten aseveljien välille.